Bij aankomst in Bari wordt het stoffelijk overschot van de Heilige Nicolaas eerst naar een klooster gebracht en daar veilig, maar tijdelijk bewaard. Paus Urbanus II (Odon de Lagery/Odon van Châtillon 1035-1099), die paus is van 1088 tot in 1099, benoemd Elias tot aartsbisschop van Bari. Deze ontvangt van de paus de opdracht een mooie kerk voor de Heilige Nicolaas te bouwen in Bari. Na voltooiing van het grote werk krijgen de relieken van Nicolaas in 1089 een plaats in de crypte van de nieuwe kerk. De definitieve rustplaats wordt de “Tomba del Santo” (Tombe van de Sint) genoemd. Hier houdt traliewerk de bezoekers op afstand van het altaar, waaronder de heilige is opgebaard.
Het bouwen van de Nicolaaskerk versterkt de verering van Nicolaas en pelgrims van over de hele wereld komen naar Bari. Dit geeft niet alleen religieus aanzien, maar ook uit economische perspectief is het voor ondernemers een goede zaak dat Nicolaas in hun stad aanwezig is. De Heilige Nicolaas in Bari betekent een kostbaar en commercieel erfgoed voor de stad en heel Italië.
Bari groeit uit tot de plaats om de Heilige Nicolaas te bezoeken en te eren. De stad wordt een bekend bedevaartsoord. Dit geldt niet alleen voor katholieken, maar ook voor vele Orthodoxen. De overbrenging van Nicolaas van Myra naar Bari doet zijn bekendheid enkel toenemen. In de Oosterse landen blijft de Heilige Nicolaas de bekende wonderdoener en in de Westerse landen wordt hij in de loop van de eeuwen een grote kindervriend. Talloze legenden en wonderen dragen meer en meer bij aan de vermaardheid van Nicolaas en de bezoekers aan de basiliek zijn ontelbaar. Dit komt mede door de rijkdom die in de basiliek “basilica di San Nicola” is te bewonderen. Immers, niet alleen is er de crypte met de stoffelijke resten van Sint-Nicolaas, maar ook sieren veel beelden, muurschilderingen en schilderijen met Nicolaas de basiliek. Het gehele plafond van de basiliek is heel kleurrijk beschilderd met afbeeldingen over het leven en legenden van Nicolaas. Deze werken zijn in 1661 en 1662 gemaakt door de Italiaan Carlo Rosa (1613-1678). Daarnaast is er een stenen reliëf van Nicolaas aanwezig met daaromheen gebeeldhouwde taferelen uit zijn leven en enkele legenden.
In de basiliek staat een groot beeld van de Heilige Nicolaas uit de 17e eeuw, dat ook in processies meegaat. Hij is uitgebeeld met een donkere huidskleur, vandaar dat wordt gesproken van Nicolaas de Moor. De basiliek toont ook de overblijfselen van de planken, waarmee het gebeente van de Heilige Nicolaas in 1087 van Myra naar Bari is verscheept.
In de crypte zijn de namen van de 62 Italianen te lezen, die in 1087 het geraamte van Nicolaas van Myra naar Bari hebben gebracht. Voor de meeste namen staat een teken en er zijn 2 symbolen te zien. Dit betekent dat de ondernemende Italianen geen, de gehele of gedeeltelijke gage hebben opgenomen voor de geleverde inspanningen.
In de crypte staat rechts achteraan een grote, rode klom, de “colonna miracolosa”, die door een ijzeren traliewerk is beschermd. Veel pelgrims bewonderen de bijzondere zuil, leggen er een hand op en doen een wens. Een legende uit de 15e eeuw vertelt een bijzonder verhaal over de zuil. Na aankomst van het geraamte van Nicolaas in Bari spoelt er een zuil in de haven aan. Deze pilaar zou uit de grafkelder van Nicolaas uit Myra afkomstig zijn. De zware zuil blijft in de haven liggen en verplaatsen is niet mogelijk. In de nacht van 30 september op 1 oktober 1089 luiden de klokken in Bari. Een bisschop en twee engelen torsen de pilaar en brengen de kolom van de haven naar de basiliek. Deze bisschop blijkt Nicolaas te zijn, die de kolom dicht bij zijn laatste rustplaats wil.
Naast de basiliek bevindt zich de “Sala Offerte”, dit is een winkel waar onder meer boeken, devotionalia, iconen en manna te koop wordt aangeboden.